O Hospital Santa Cruz iniciou, em 2008, o processo de certificação como Hospital de Ensino, contando com a participação ativa de diversos profissionais. Como resultado desse trabalho, em 2012 recebeu a certificação de Hospital de Ensino, por meio da Portaria Interministerial nº 1.014, de 23 de maio de 2012. O reconhecimento foi concedido após avaliação realizada por representantes dos Ministérios da Educação e da Saúde, durante visita técnica ocorrida em dezembro de 2011.
Para atender aos requisitos de um Hospital de Ensino, o HSC mantém uma estrutura consolidada de comissões, comitês e equipes multiprofissionais, responsáveis por apoiar a assistência, o ensino, a pesquisa e a gestão da qualidade. Entre elas destacam-se: Comissão Intra-Hospitalar de Doação de Órgãos e Tecidos para Transplante (CIHDOTT); Equipe Multiprofissional de Terapia Nutricional (EMTN); Comissão de Documentação Médica e Estatística; Comissão de Ética Médica; Comissão Interna de Mortalidade Materno-Infantil; Comissão de Controle de Infecção Hospitalar; Comissão Interna de Prevenção de Acidentes (CIPA); Comissão de Óbitos; Comissão de Revisão de Prontuários; Comitê Hospitalar Transfusional; Comissão de Padronização de Medicamentos, Farmacoterapia e Tecnovigilância; Comissão de Padronização de Materiais e Equipamentos; Comissão Interna de Ergonomia; Comissão de Meio Ambiente; Comissão de Proteção Radiológica; Comissão de Ética de Enfermagem; Comissão de Residência Médica (COREME); Comissão de Ensino e Comissão de Residência Multiprofissional (COREMU).
A integração entre ensino e assistência faz parte da história do Hospital Santa Cruz desde antes de sua aquisição pela APESC. O Curso de Enfermagem da Universidade de Santa Cruz do Sul (UNISC) foi pioneiro no desenvolvimento de atividades acadêmicas na instituição, consolidando uma parceria que, ao longo dos anos, ampliou significativamente as oportunidades de formação prática.
O HSC desenvolve projetos e programas permanentes nas áreas materno-infantil, humanização e acolhimento. Também participa do programa Saúde em Sua Casa, em parceria com a Prefeitura Municipal de Santa Cruz do Sul, além de sediar projetos de extensão multidisciplinares da UNISC, como o Projeto de Reabilitação Cardiorrespiratória (DPOC), o Programa de Educação pelo Trabalho para a Saúde (PET-Saúde) e o Projeto de Atenção à Criança e ao Adolescente (PACA). A estrutura do hospital contempla ainda os ambulatórios acadêmicos do Curso de Medicina, o Ambulatório de Nutrição e o Ambulatório de Feridas.
Semestralmente, o Hospital Santa Cruz recebe aproximadamente 1.000 estudantes, que realizam estágios curriculares, aulas práticas, visitas técnicas, projetos de pesquisa e atividades de extensão em diferentes áreas do conhecimento. A maior concentração de estudantes pertence aos cursos da área da saúde, destacando-se Medicina, Enfermagem, Técnico em Enfermagem, Fisioterapia, Nutrição, Técnico em Radiologia, Psicologia, Serviço Social e Biomedicina. Além disso, o hospital recebe regularmente estudantes dos cursos de Comunicação Social, Administração, Ciências Contábeis, Engenharias, Técnico em Segurança do Trabalho e programas de pós-graduação lato sensu e stricto sensu.
No âmbito da formação especializada, o Hospital Santa Cruz iniciou, em 2010, seus Programas de Residência Médica nas cinco especialidades básicas: Cirurgia Geral, Clínica Médica, Ginecologia e Obstetrícia, Medicina de Família e Comunidade e Pediatria. Em 2014 foi implantado o Programa de Residência Multiprofissional em Saúde, na área de concentração em Atenção em Urgência e Emergência. Em outubro de 2022, o hospital recebeu aprovação para o Programa de Residência Médica em Medicina Intensiva. Em janeiro de 2024, foram aprovados os Programas de Residência Multiprofissional em Saúde nas áreas de concentração em Atenção Cardiovascular e Atenção Materno Infantil. Mais recentemente, em janeiro de 2025, foram autorizados os Programas de Residência Multiprofissional em Saúde nas áreas de concentração em Saúde do Trabalhador e Atenção em Infectologia, ampliando as oportunidades de formação especializada e fortalecendo o compromisso institucional com a qualificação de profissionais da saúde.
Para dar suporte às atividades de ensino, o HSC dispõe de uma infraestrutura acadêmica composta pelos Espaços Acadêmicos das Alas Santo Antônio e São Francisco, salas de estudo distribuídas pelas unidades assistenciais e uma unidade da Biblioteca da Unisc, localizada na área acadêmica do Curso de Medicina.
A gestão das atividades de ensino e pesquisa é realizada pela Direção de Ensino e Pesquisa, por meio da Secretaria de Ensino e Pesquisa (SEP), responsável pelo suporte administrativo às Comissões de Residência Médica (COREME), de Residência Multiprofissional (COREMU) e à Comissão de Ensino. A Secretaria atua na organização, acompanhamento e desenvolvimento das atividades acadêmicas, contribuindo para fortalecer a integração entre ensino, pesquisa, inovação e assistência, pilares que caracterizam o Hospital Santa Cruz como uma instituição de excelência na formação de profissionais da saúde.
